Le Jardin Botanique possède depuis de nombreuses années le label « Jardins Botaniques de France ». A ce titre, il répond à plusieurs missions :
- culturelles et éducatives : vitrine ouverte initiant des publics divers à la botanique d’hier et d’aujourd’hui ; outil pédagogique adapté de l’Université à la maternelle ;
- scientifiques : présentation des outils et des méthodes d’analyses du monde végétal ; botanique revisitée par l’exploitation que la recherche peut en faire ;
- conservatoire : de nombreuses thématiques sont présentées au public : Rocailles, Corniche calcaire, Grandes rocailles géographiques, Fougeraie (sous-bois), Roche de tuf, Campanules, Plantes des 5 sens, Les 5 sens, Pélargonium à feuillage odorant, Sauges du monde, Milieux humides, Grand bassin, Fontaine, Rivière, Arboretum, Plantes médicinales, Serres et plantes d’orangerie, Plantes carnivores, Plantes épiphytes, Plantes vivrières, Orchidées, Plantes xérophytes (de milieu sec), Plantes myrmécophyles (vivant avec des fourmis) Tourbières, Potager pédagogique, Collection systématique, Rosiers, Dissémination des semences, L’Homme et les plantes au néolithique.
Ces collections répondent à la fois aux demandes du grand public mais aussi aux besoins des universitaires pour l’illustration de leurs cours et travaux pratiques.
Depuis 2004, un grand projet a été mis en place afin de rendre lisible au public les résultats des recherches des laboratoires de l’Université.