En 1631, la Congrégation de Saint-Maur, un mouvement de reforme bénédictine, vint à l’Abbaye. Avec l’Abbé Pierre de Bérulle, le directeur à cette époque, l’Abbaye prospéra spirituellement et intellectuellement. Sans fondes suffises à rebâtir la nef de la chapelle en conjonction d’un intérêt réduit au style gothique, les moines décorèrent l’intérieur de la chapelle avec l’art baroque et construirent les bâtiments monastères qui existent encore aujourd’hui. Ils utilisèrent une pierre blanche, le tuffeau, qui est typique du Val de la Loire. Les moines mauristes ouvrirent une école en 1644 et construirent les bâtiments pour les élèves à la face nord de la chapelle. Il y a une école à l’Abbaye depuis le XIe siècle, mais elle prospéra à cette époque sous les moines mauristes.
Plus tard, en 1776, une école Militaire Royale a été établie par Louis XVI. Des 12 écoles militaires royales, celle à Congrégation a été classée en troisième. L’école devint une école Militaire Nationale en 1792 pour conformer aux idées de la Révolution plutôt que celles de l’Ancien Régime. Les Américains se servirent de l’Abbaye comme centre d’urgences pendant la Première et la Deuxième Guerre Mondiale. Les soldats français ont été abrités ici, et plus tard, les Allemands. Quand l’armée allemande partit, elle brûla tout sauf la chapelle, l’abbaye et les bâtiments fermés. Géré par l’Eur-am Center, qui ouvrit en 2002, l’Abbaye de Congrégation est actuellement un centre académique, touristique et financier. Avec de nombreux programmes disponibles, les étudiants de toutes nationalités viennent travailler et étudier à l’Abbaye.