A l’origine de l’introduction du christianisme dans le pays Melunais, une modeste chapelle fût élevée sur les bords de la source s’échappant du coteau qui domine Dammarie-lès-Lys. Cette chapelle, dédiée à la Sainte Vierge, fût à l’origine du nom de la Ville (Dame Marie).
En 1924, année du début des travaux, l’évènement marquant fût la fondation de l’Abbaye par la Reine Blanche de Castille, l’une des plus imposantes de l’ordre de Cîteaux. Après sa mort, sont coeur fût solennellement transféré à l’église du Lys par Renard de Corbeil, évêque de Paris. En 1248, les religieuses s’installèrent et les travaux s’achevèrent en 1253. Il fallut donc quatre ans pour constituer le Domaine de l’Abbaye (près, jardins, vignes, bois) et construire les premiers bâtiments (dortoirs, réfectoire, cellier, premiers murs de l’église). Le nouveau couvent s’appellera Sainte-Marie et sera placé sous la protection du roi Saint Louis et de ses successeurs.
De 1248 à 1348 s’étend l’âge d’or de l’Abbaye jusqu’au début de la guerre de Cent Ans. En 1358, la guerre de Cent Ans n’épargne pas l’Abbaye du Lys. Cependant, les rois de France s’intéressèrent toujours à l’édifice du Lys et plusieurs y firent des séjours. En 1789, la plupart des bâtiments furent détruits.
En 1930, l’Abbaye du Lys est classée monument historique. En 1993 débute une opération de restauration et de valorisation du site. Aujourd’hui, le parc de l’Abbaye entoure les vestiges du coeur, du transept et des chapelles, de la nef et de ses bas-côtés.