Les collections du jardin botanique s’articulent sur 3 thèmes :
- écologie : appartenance à une zone géographique donnée ;
- collections systématiques : sauges , phlomis, agaves, iris ;
- collections ethnobotaniques : plantes utiles à l’homme, ayant des propriétés médicinales, vénéneuses, aromatiques, culinaires, textiles, etc.
La reconstitution de zones géographiques méditerranéennes est une des originalités du jardin botanique. Parmi celles-ci, on peut citer la Grèce, la Macaronésie, le sud-ouest de l’Australie, la Californie et le nord-ouest du Mexique, l’Afrique du Sud, etc. Au sein de ces zones, nous nous sommes attachés à reconstituer les plus exactement possible différents écosystèmes, c’est-à-dire l’ensemble des conditions physiques du milieu, associées aux formations végétales qu’elles abritent. Nous nous efforçons d’y recréer non seulement le côtoiement géographique des plantes mais aussi un équilibre dynamique des plantes entre elles (faisant appel à la phytosociologie) et elles sont volontairement traitées de manière à leur donner un aspect « naturel ». La qualité de nos collections systématiques a permis de faire agréer certaines d’entre elles au titre des « Collections Nationales » reconnues par CCVS (Conservatoires des collections végétales spécialisées), notamment en ce qui concerne les genres Salvia et Agave.
Les collections à caractère ethnobotanique sont réunies au sein de la zone du même nom et regroupent des végétaux originaires d’horizons divers et aux propriétés multiples, utiles à l’Homme. En dehors de ces parties, traitées en fonction de critères nettement définis, se trouvent des zones de repos, purement décoratives où sont présentées des espèces peu connues qui mériteraient d’être utilisées dans nos jardins méditerranéens.