Les origines connues de Berzé remontent au Xe siècle. Les cartulaires de Cluny font mention, en 991, d’un « Castrum » à l’origine du château actuel. Parmi les familles les plus puissantes du Maconnais, les Berzé ont occupé les lieux pendant plus de quatre siècles.
Dans la seconde moitié du XIIe siècle, Hugues de Berzé, chevalier ayant participé à la quatrième croisade, fut l’auteur de la « Bible au seigneur de Barzil », poème satyrique de huit cent trente-huit vers dans lequel il critiquait les travers et les vices de son temps.
Le dernier de la lignée des Berzé, Geoffroy, fut inhumé à la fin du XIIIe siècle dans l’abbatiale de Tournus. Son caractère emporté l’ayant poussé à souffleter un archidiacre de Mâcon, il fut condamné, lui et ses descendants, à faire mettre un cierge chaque année à la saint Vincent dans le choeur de l’église. Il laissa Berzé à sa nièce, épouse de Jean de Thil, connétable de Bourgogne, aïeul des actuels propriétaires.
Durant les guerres de Religion, René de Rochebaron resta un fidèle partisan du roi, tandis que la région était aux mains du duc de Nemours, partisan de la Ligue. Le 3 août 1591, le duc assiégea Berzé avec douze cents hommes et quatre cents chevaux. Rochebaron fut contraint de capituler, après un siège de 6 mois, avec les honneurs de la guerre.
Henri IV, en 1596 érigea sa terre en comté, en reconnaissance pour sa fidélité. N’ayant pas d’enfant, il laissa Berzé à son neveu, Antoine d’Aumont qui n’y vint jamais et qui le transforma en ferme.
Pillé et saccagé à la Révolution, Berzé fut vendu en 1817 à Antoine Gerentet, ancêtre des actuels propriétaires. Il lui fallu ainsi qu’à son gendre, le comte de Thy de Milly trente années de travaux pour remettre la demeure en état. Ils durent reconstruire les logements seigneuriaux, ces derniers ayant été totalement détruits à la Révolution. Ils créèrent toutes les ouvertures d’un style néogothique de façon à transformer la forteresse en demeure plus habitable.