Le jardin de la « plaine à choux » (1619-1869) : ville d’intellectuels et d’artistes, Strasbourg dispose dès 1566 de son Académie comprenant quatre Facultés : Théologie, Droit, Philosophie et Médecine. Cette dernière souhaite installer un Jardin botanique dans l’enceinte de la ville. Des négociations entre le Sénat et le couvent Saint-Nicolas-aux-Ondes permettent au recteur Storck d’obtenir une partie du cimetière situé dans le quartier de la Krutenau. De par son origine maraîchère, ce nom alsacien signifie « plaine à choux ».
Le Jardin botanique de Strasbourg est créé en 1619 ; il est alors le deuxième de France après celui de Montpellier (1598). Situé à la place occupée actuellement par l’Ecole des Arts Décoratifs, il est géré par les professeurs de la Faculté de Médecine. Plusieurs serres sont construites afin d’accroître la diversité des plantes à étudier.
En 1670, le premier inventaire du Jardin, édité par le botaniste Marcus Mappus, recense 1600 espèces. Suite à la Révolution Française, de nombreux jardins botaniques sont démantelés car leurs collections de plantes exotiques sont jugées trop « aristocratiques » par les révolutionnaires.
Jean Hermann, alors directeur du Jardin botanique, lui sacrifie toute sa fortune personnelle pour sa survie. Il sauve aussi de la destruction une partie des statues de la Cathédrale de Strasbourg en les enterrant dans le Jardin.
Le jardin de l’Université Impériale (1870-1955) : les troupes prussiennes assiègent la ville au cours de la guerre de 1870. Les strasbourgeois encerclés n’ont plus accès aux cimetières situés en périphérie de la ville. Ils réquisitionnent alors le Jardin botanique, qui redevient un lieu de sépulture.
Victorieuse, l’Allemagne impériale annexe l’Alsace et la Moselle en 1871. Très vite, l’empereur Guillaume Ier a pour ambition de faire de Strasbourg la vitrine scientifique et culturelle de l’Allemagne, à l’Ouest de l’Empire. Il entreprend dans ce but la construction de l’Université impériale dès 1880. Des travaux titanesques débutent à l’est de la ville : le palais universitaire et les bâtiments des instituts de la Faculté des sciences, l’observatoire et le musée zoologique sont bâtis. A cette occasion, un nouveau Jardin botanique voit le jour sous la direction du botaniste allemand Anton de Bary.
Le Jardin est installé sur le site des anciens remparts de la ville, à son emplacement actuel. L’arboretum est planté, des serres monumentales sont construites et le tout est inauguré le 26 novembre 1884.
Le Jardin botanique actuel (1956-aujourd’hui) : aujourd’hui, le Jardin botanique a la même superficie qu’à sa création. Très abîmées lors de l’orage de grêle du 11 août 1958, les grandes serres furent malheureusement détruites en 1963, pour laisser la place à la construction d’un nouvel Institut de Botanique, d’architecture alors contemporaine. Seule la serre de Bary échappa à la démolition, elle est désormais classée monument historique.
L’Institut de Botanique et les locaux actuels (serre froide et serre chaude) furent construits en 1967 sous la direction du doyen Henri-Jean Maresquelle, directeur du jardin de 1945 à 1968.